Le fonds de dotation est administré par un conseil d'administration qui comprend au moins 3 membres nommés, la 1re fois, par le ou les fondateurs.
Les statuts fixent la composition et les conditions de nomination et de renouvellement du conseil d'administration.
Le fonds publie dans les 6 mois suivant la fin de l'exercice ses comptes annuels. Il nomme au moins un commissaire aux comptes et un suppléant, lorsque le montant total de ses ressources dépasse 10 000 € en fin d'exercice.
Le fonds nomme au moins un commissaire aux comptes lorsque le montant de ses ressources dépasse 10 000 € par an.
Lorsque les donations du fonds sont supérieure à 1 000 000 € , le recours à un comité consultatif est obligatoire. Ce comité est composé de personnalités qualifiées extérieures au conseil d'administration, et chargé de lui faire des propositions de politique d'investissement et d'en assurer le suivi.
Par ailleurs, le fonds de dotation adresse chaque année au préfet dans les 6 mois suivant la fin de l'exercice un rapport d'activité, ses comptes annuels et le rapport du commissaire aux comptes.
Le rapport annuel d'activité, envoyé à la préfecture, doit contenir les éléments suivants :
Liste des personnes morales bénéficiaires des redistributions intégrant les informations suivantes (dénomination, adresse du siège social, mail, coordonnées téléphoniques, nature des redistributions et leurs montants)
Indication que le fonds bénéficie directement ou indirectement d’avantages ou de ressources versés en numéraire ou consentis en nature par un É tat étranger, par une personne morale étrangère, par tout dispositif juridique de droit étranger comparable à une fiducie ou par une personne physique non résidente en France
Liste des libéralités reçues en indiquant leurs montants et les personnes émettrices de ces libéralités
Le préfet peut suspendre l'activité du fonds de dotation si ce dernier ne respecte pas cette obligation, et ce, jusqu'à la transmission des documents précités. À défaut de régularisation, le fonds de dotation peut être dissout par voie judiciaire (saisine du juge).